El convento de Santa Catarina de Sena se construyó para albergar en él a las monjas de la Tercera Orden de Santo Domingo, devotas de aquella santa que nació en el año de 1347 y que muchos servicios prestó a la Iglesia de su tiempo. A diferencia de otros conventos femeninos que existieron en Oaxaca, el de Santa Catarina lo habitaron desde sus orígenes, mujeres oaxaqueñas. Y fueron ellas verdaderas fundadoras pues no existía aun convento de su Orden en la ciudad de México y no había, por tanto, otras religiosas de quien echar mano para que vinieran a fundar a Oaxaca, como harían otras congregaciones monjiles en los siglos posteriores. Quizá por única vez en la historia, fueron monjas ya profesas del convento oaxaqueño a fundar el de la capital del virreynato. Larga vida tuvo este convento desde su fundación al mediar el siglo XVI hasta su cierre definitivo a que obligaron las Leyes de Reforma en el siglo XIX.