San José Mogote ha existido durante más de 3,500 años. Posiblemente fue el primer pueblo que se fundó en la etapa de las aldeas, y fue el más grande de esa época. Comprende terrenos de Guadalupe Etla, toda la agencia de San José Mogote y terrenos de San Sebastián Etla. Aquí, por primera vez, se definieron las culturas antecesoras de la famosa ciudad de Monte Albán. Durante el apogeo de este centro, San José Mogote sirvió como la cabecera del Valle de Etla. También tenía su palacio, sus templos y su juego de pelota. Se abandonó alrededor de 400 años antes de Cristo. Poco antes de la llegada de los españoles fue ocupado nuevamente, como un pequeño poblado campesino.

Se presume que los fundadores de Monte Albán fueron también habitantes de San José Mogote. Las inscripciones halladas en el sitio documentan una de las formas más antiguas de escritura de Mesoamérica, datata alrededor del año 500 antes de la era común.

Los restos arqueológicos muestran que la ciudad estuvo habitada por al menos 1000 años. La población entró en declive hacia final del Preclásico Medio, al mismo tiempo que Monte Albán tomaba la hegemonía en los Valles Centrales de Oaxaca. Finalmente fue abandonada hacia el final del Preclásico Tardío.

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